Existem cotas de bolsas de mestrado das agências CAPES e FAPEMIG, além de cotas institucionais. Cada bolsa é concedida pelo prazo de 12 (doze) meses, podendo ser renovada anualmente, até atingir o 24º (vigésimo quarto) mês de matrícula no mestrado, se atendidas as seguintes condições: dedicação ao curso; recomendação da Comissão de Bolsas do PMAT, sustentada pelo Formulário de Avaliação Semestral; matrícula semestral em Acompanhamento do Plano de Dissertação; aprovação em todas as disciplinas e/ou atividades acadêmicas desde a concessão da bolsa; continuidade das condições pessoais do bolsista, que possibilitaram a concessão anterior.